Много тысяч лет назад сражались Черный Бог и Белый Бог. Последний проиграл и не желая отдавать свою силу врагу, послал ее сквозь время в наши дни, решив даровать ее людям, чтобы они могли победить в будущем Черного Бога. Сила Белого Бога поделилась между большой группой людей на пароме, попавшем в шторм. Обладателем главной доли сил оказался парень, потерявший во время крушения парома память - Шоичи Тсугами, который может теперь превращаться в Камен Райдера Агито. Одновременно Черный Бог начинает посылать эмиссаров - монстров Неизвестных, чтобы убить всех, кто носит в себе частицу силы Белого Бога. Полиция использует для борьбы с Неизвестными супер-костюм, который был назван Камен Райдер G-3. Еще один носитель силы Белого Бога вскоре становится Камен Райдером Джиллсом. Теперь трем Райдерам придется сражаться с Неизвестными и друг с другом, чтобы разгадать великое множество загадок - кто направляет Неизвестных, что скрывает память Шоичи, откуда взялась их сила.